Existen referencias históricas a esta fuente que hablan de su existencia desde el silgo XIV, ya en 1395 existe una cédula real que exige que se solucione el litigio entre varias partes sobre el reparto de gastos para su reparación, y las referencias se suceden. Las modificaciones en esta obra fueron recurrentes y muchas de ellas. si no todas, están documentadas.
La fuente de Santa María es protagonista en la plaza del mismo nombre, adornada en su cara oriental por la fachada principal de la Catedral de Burgos. Es una de las primeras, si no la primera, fuentes de la capital burgalesa, aunque se aspecto actual se debe a la intervención de Clemente de Quintana, realizada en 1663.
La última intervención realizada en la fuente se produce entre el 1996 y el el 1998, aunque el estado de conservación en la actualidad requiere una pronta intervención.